Il se trouve que, sur Terre, dans une base invisible aux yeux des dirigeants de l'Alliance Terrienne ainsi que ceux de Plants, des anciens partisans du Blue Cosmos se sont réfugiés et continuent leurs expériences sur certains extendeds ayant réussit à survivre aux combats de la seconde guerre. La base se nomme Atlantis car elle est située au fond de l'océan Atlantique, comme la légende de l'Atlantide. Ils développent dans cette base le projet «Blutegel», consistant à trouver un système permettant aux soldats de fournir à leurs unités de l'énergie en utilisant leur énergie vitale. C'est un moyen d'obliger les soldats à se donner à fond pour gagner car si l'énergie arrive à zéro, le pilote mourra automatiquement...
Pour faire ces tests, ils ont du sacrifier beaucoup d'extendeds encore en vie et finalement ils ont réussit à mettre en place ce système pour qu'il soit opérationnel et qu'il puisse s'introduire dans n'importe quel Mobile Suits où Mobile Armor de l'armée.
Mais, ce n'est pas seulement le Blue Cosmos qui continue ses expériences cruelles, il y a aussi un groupe de mercenaires et de scientifiques, vraisemblablement des Pro-Zala, ayant trouvé refuge sur un astre non loin de la Lune qu'ils ont baptisés Némésis, qui ont mis en place une nouvelle technologie très avancée et aussi complexe que celle du Blue Cosmos qu'ils ont nommé le projet «Samen». Ce projet avait pour but de permettre aux Coordinateurs de pouvoir passer en un mode semblable au Seed, les personnes soumise à ce mode verraient leurs réflexes décuplés et même s'en servir à leur guise mais, pour éviter que certains soldats n'executent pas les missions qui leurs sont données, leurs supérieurs possèdent le moyen de réguler ce mode, c'est à dire qu'ils peuvent controler à leur guise les soldats.
Il semblerait que ce soit l'une de ces deux organisation qui ai attaqué la base de l'Alaska mais on ne sait pas laquelle encore bien qu'il soit probable que ce soit des soldats de ZAFT. Quoi qu'il en soit, les deux camps se mettent petit à petit à ne plus respecter le traitéet les deux organisations ayant dévellopé les systèmes «Blutegel» et «Samen» commencent à se montrer et sont adoptés par les deux armées en secret .
Serait-ce le début d'une nouvelle guerre ?